Sve vrste bakterija koje žive u našim crijevima pridonose zdravim (ili nezdravim) procesima koji se odvijaju u našim tijelima, ali ispada da smo izgubili mnogo mikroba koje smo nekoć dijelili s našim drevnim precima primatima.
Gledajući genetski materijal u crijevima modernih čimpanza ( Pan troglodytes troglodytes i P. t. schweinfurthii ) i bonoba ( P. paniscus ), istraživači su pratili loze njihovih crijevnih bakterija milijunima godina prije nego što su ih usporedili s mikrobima koji sada žive u ljudskim bićima i afričkim majmunima (našim najbližim evolucijskim rođacima).
Analiza je pokazala da su mnoge vrste crijevnih bakterija primata evoluirale tijekom tog vremena, uključujući i ljude, ali da je značajan broj bakterija koje su evoluirale (ili “ko-diverzificirane”) sa svojim domaćinima izgubljeno u Homo sapiensu.
Ovo istraživanje nije pobliže istraživalo zašto bi to moglo biti tako, ali prehrana vjerojatno igra veliku ulogu. Ono što jedemo ima veliki utjecaj na crijevne bakterije, a ljudi su se prilično rano u svojoj povijesti kao vrsta udaljili od voća i lišća na životinjske masti i proteine. Istraživači kažu da bi buduće studije trebale proučavati veći raspon ljudskih crijevnih bakterija, posebno u različitim regijama. Jedna je hipoteza da razlika u industrijaliziranim populacijama može biti posljedica moderne prehrane i lijekova.